在上一季中，Brennan被精通信息技术的连环杀手ChristopherPelant陷害，成了「谋杀」EthanSawyer的嫌疑人。尽管Angela想尽一切办法来帮助Brennan逃避牢狱之灾，但都徒劳无功。Brennan认为她必须躲起来才能击败Pelant，于是在洗礼仪式期间带着襁褓中的Christine逃之夭夭，留下毫不知情的Booth独守空房。本季开始时，距离Brennan离家逃亡已经过去三个月，Booth和杰斐逊学院团队正竭力寻找ChristopherPelant陷害Brennan的证据，希望能早日洗清她的罪名。一位高中辅导教师的遗骸可能成为Brennan脱罪的关键，但他们首先要确定
杰斐逊学院团队着手调查一名高级离婚律师的谋杀案。他一生中树敌太多，任何一个恨他的人都有可能是谋杀他的凶手。他们很快发现死者的妻子和助手隐藏了一些对破解该案非常有用的关键证据，案情变得更加复杂了。与此同时，结束逃亡生活回到家中的Brennan一时难以适应「新生活」，而她和Booth之间的关系也开始变得紧张起来。两人分开了三个月，受到压抑的情绪需要得到发泄，这是完全可以理解的。但这最好不要影响到他们的感情！否则就太糟糕了。
某旅馆的停车场发生爆炸，受害人被炸成了碎片。杰斐逊学院团队必须仔细研究在爆炸现场发现的人体残骸，从而查证受害人的真实身份。当他们发现某个已经宣布死亡的人竟然还活着，事情变得更加离奇复杂，与此同时，Booth分配到一项令他头疼的重要工作——坐在办公桌前写文案！如果他不能让上级批复预算申请，他的升职也就没戏了。缺少Booth这个搭档，Sweets倒是一点也不担心，因为。他得到了一位美貌的「临时搭档」，特别女探员OliviaSparling（DaniellePanabaker）。
